两种新计算方法组成的工作流用于执行特定小分子结合任务。基于数据驱动的DEPACT可以设计和评估小分子结合的口袋能否作为独立的团簇，而PACMat…… Continue reading →

DD-GUI 是英属哥伦比亚大学团队联合NVIDIA开发的深度学习和对接的图形用户界面，名为“深度对接”。DD-GUI 能直观且便捷地设置大规模…… Continue reading →

通过关注肽和蛋白质的相互作用，首次从计算角度对肽结合位点进行的全面的形态学和能量学研究。 背景介绍 肽-蛋白相互作用与许多细胞和代谢系统的信号转…… Continue reading →

背景介绍 基于片段的药物发现(FBDD)已经成为一个用来识别探针分子和先导化合物的强大工具。过去20年里，FBDD发现了4种已批准的药物，数十种…… Continue reading →

Polyply包含了：1)一种多尺度图匹配算法，用于快速生成参数，并适用于任意复杂的聚合物拓扑；2)通用的多尺度随机行走协议，能够高效地建立复杂…… Continue reading →

通过高通量虚拟筛选发现了MCULE-5948770040，一种作用于SARS-CoV-2主要蛋白酶的新型非共价小分子抑制剂。进一步的湿实验、X射…… Continue reading →

通过QM/MM分子动力学模拟和同位素标记实验，作者发现在倍半萜SdS合成酶中去质子化-再质子化序列可以通过G1/2 helix这段保守结构域的主…… Continue reading →

SARS-CoV-2的突变体是如何影响RBD-ACE2复合物的形成的呢？原子力显微镜和分子动力学模拟揭示了关于SARS-CoV-2突变体结合的原…… Continue reading →

通过实验结合计算的方法，证明了四环素衍生物对FP-2的变构抑制作用，预测了可能的结合模式，为进一步优化四环素骨架及发现选择性更好效力更强的抑制剂…… Continue reading →

一种基于注意力的卷积神经网络深度学习模型，该模型可利用初级序列生成的简单二级结构来提供高度准确的糖基转移酶折叠预测。 背景介绍 糖基转移酶(GT…… Continue reading →