大分子（抗体）AI设计

讲师介绍

葛虎博士，唯信计算创始人、生物计算领域知名专家

恒瑞医药、先声药业等大型制药企业计算生物学首席科学家，作为核心成员参与过数十个临床前新药研发项目，十余个项目已经进入临床研究阶段，作为主要设计者研发的一款细胞因子药物成功达成数亿美金海外授权。在NPR、JCIM等学术期刊发表SCI论文数十篇，被引500余次，并担任多个期刊的审稿人。主持国家自然科学青年基金，参与国家新药创制重大专项、科技部863计划、自然科学基金重点和面上项目，申请新药发明专利数十项（包括多项国际专利）和多项软件著作权。

 

课程大纲

1. 结构预测与分析

• 蛋白晶体数据库和结构检索
• 结构预测方法概述
• 蛋白质结构通用预测方法
• 抗体结构预测和优化
• 基于AI的蛋白结构预测
• 【独门绝技】实验信息辅助的结构预测

2. 抗体编号

• 抗体可变区编号规则
• 对抗体可变区进行编号并识别CDR与FR
• 使用EU规则对抗体恒定区进行编号
• TCR的可变区编号

3. 序列分析

• 快速序列编辑与可视化标注
• 多序列比对
• 同源性计算
• 氨基酸频率分析与序列logo绘制
• 进化树分析
• 多序列聚类分析及可视化
• 【独门绝技】如何仅针对抗体CDR（忽略FR）计算同源性、进化树、聚类
• 【案例讲解】快速制作、导出美观的序列比对图

4. 抗体人源化设计

• 抗体人源化设计的原理与进展
• 【案例讲解】五分钟完成抗体人源化设计
• 【经验心得】模板与回复突变的选择
• 【经验心得】纳米抗体人源化设计的异同

5. 虚拟亲和力成熟

• 蛋白的虚拟亲和力成熟
• 抗体的虚拟亲和力成熟

6. 免疫原性预测与优化

• 免疫原性预测的原理与进展
• 【案例讲解】一分钟完成免疫原性预测
• 【经验心得】免疫原性预测结果分析与早期发现项目中的决策考量
• 【经验心得】去免疫原性改造策略与突变设计

7. 可开发性预测与优化

• 常见PTM风险位点预测
• 【经验心得】PTM位点突变策略
• 溶解度、等电点（pI）、聚集倾向、预测
• 基于表面分析设计突变改善蛋白聚集和沉淀
• 【案例讲解】设计突变提升蛋白热稳定性、表达量、纯度

8. 生物药专利分析

• 氨基酸编码转换（3字母与1字母）
• 【案例讲解】快速批量提取专利中的序列
• 检索专利保护的蛋白质序列
• 基于抗体CDR的专利检索

9. 基于AI生成模型的蛋白质设计

• 基于已知序列进行优化设计
• 特定区域的序列预测与生成
• 从头蛋白质设计

10. 核酸序列设计

• DNA序列翻译
• 密码子优化
• mRNA序列优化

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