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中大唯信-唯信计算 Wecomput Technology

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自由能方法及应用(四) AMBER20中的炼金术结合自由能计算—药物发现进展和最佳实践

自由能方法及应用(四) AMBER20中的炼金术结合自由能计算—药物发现进展和最佳实践

引言 预测蛋白质与配体的结合亲和力以及相关的生物分子识别热力学是基于结构的药物设计的主要目标。炼金术自由能模拟为实现该目标提供了高度准确且计算效…… Continue reading →

2021-01-15 原创文章 #结合自由能
JACS | 量子化学计算揭示D-A环加成酶PyrI4的催化机制

JACS | 量子化学计算揭示D-A环加成酶PyrI4的催化机制

先睹为快 作者    中国科学院上海有机化学研究所刘文教授 美国加州大学洛杉矶分校的K. N. Houk教授 研究对象  D-A环加成酶:Pyr…… Continue reading →

2021-01-08 原创文章 #量子化学 #量子化学计算
PharmKG:专用于生物医药数据挖掘的知识图谱

PharmKG:专用于生物医药数据挖掘的知识图谱

近日,国际生物信息学重要期刊《Briefings in Bioinformatics》在线发表了“PharmKG: a dedicated kn…… Continue reading →

2021-01-06 原创文章 #生物医药知识图谱
JCIM | 波士顿大学公布热点残基(hot spot)发现的基准数据集

JCIM | 波士顿大学公布热点残基(hot spot)发现的基准数据集

引言 结合热点区域通常结合低分子量化合物(片段),其重要性在FBLD的相关文献中已被很好地证明。结合热点大多通过实验手段发现,如NMR-SAR方…… Continue reading →

2021-01-05 原创文章 #基准数据集 #基准数据集Acpharis #数据集 #测试 #热点
JCIM | 从分子动力学轨迹中提取特征预测P-糖蛋白底物

JCIM | 从分子动力学轨迹中提取特征预测P-糖蛋白底物

引言 外排转运蛋白P-糖蛋白(P-gp)负责从细胞中转运包括药物分子在内的多种分子。因此,P-gp介导的外排转运限制了药物的生物利用度。为了在药…… Continue reading →

2020-12-26 原创文章 #分子动力学 #机器学习
JCIM | 一个片段对接的基准数据集及其在4个对接软件中的基准测试

JCIM | 一个片段对接的基准数据集及其在4个对接软件中的基准测试

引言 与高通量筛选相比,基于片段的药物设计使用的化合物库要小得多,但如此小的库仍能有效地探索巨大的化学空间,而且片段往往具有较低的靶标亲和力和较…… Continue reading →

2020-12-20 原创文章 #基准数据集 #片段
JCIM | 日本科学家对2亿多分子进行电子结构优化,推出PubChemQC PM6数据集

JCIM | 日本科学家对2亿多分子进行电子结构优化,推出PubChemQC PM6数据集

文章简介 作者采用PM6方法计算了分子几何优化构型和电子性质,计算基数为PubChem Compounds(截止2016年8月29日的数据)的9…… Continue reading →

2020-12-16 原创文章 #分子库 #量子化学数据集 #量子化学计算
JCIM | 算力大增的时代考虑绝对自由能计算提高虚拟筛选准确率

JCIM | 算力大增的时代考虑绝对自由能计算提高虚拟筛选准确率

文章简介 药物发现中的虚拟高通量筛选(vHTS)是一种识别苗头化合物的有效方法,它可以比实验性高通量筛选方法更快,更便宜。但是,主流的vHTS工…… Continue reading →

2020-12-12 原创文章 #结合自由能 #虚拟筛选 #计算化学
JACS | 量子化学计算揭示巴西烷型倍半萜生物合成新机制

JACS | 量子化学计算揭示巴西烷型倍半萜生物合成新机制

先睹为快 作者 日本千叶大学药学系Hajime Sato教授 日本东京大学药学系Masanobu Uchiyama教授 研究对象 巴西烷型天然产…… Continue reading →

2020-12-07 原创文章 #量子化学 #量子化学计算
Nature News | 谷歌开发AI系统预测蛋白结构取得革命性突破

Nature News | 谷歌开发AI系统预测蛋白结构取得革命性突破

蛋白质的功能取决于其3D结构 来源:DeepMind 来自Google AI的DeepMind团队开发的基于人工智能神经网络的名为AlphaFo…… Continue reading →

2020-12-01 原创文章 #AI #人工智能 #深度学习

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