如何绘制好看的序列比对图?

最近看到很多绘制序列比对图的文章,发现全是一堆代码,让不会代码的同学们无从下手。所以如何一键获得好看的序列比对图?赶紧来试试WeMol中的序列编辑器WeSeq,超级简单,今天就来浅学一下。

首先登录WeMol计算平台,进入WeSeq界面。

如何绘制好看的序列比对图?
 

我们熟悉一下序列比对相关的这几个图标和功能。

如何绘制好看的序列比对图?

 

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多序列比对

进入WeSeq界面,可直接上传或粘贴需要比对的氨基酸/碱基序列。点击Align菜单,可以使用MAFFT等方法进行序列比对,结果如图所示。可以通过File 菜单的 Export Image 功能导出序列比对图片。

如何绘制好看的序列比对图?

在WeSeq上可以使保守残基显示为*号,具体可以点*击图标,获得如图的序列比对结果:

如何绘制好看的序列比对图?

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Logo图

在生物信息分析中,序列标识图Sequence Logo常用来分析序列中的保守位点及氨基酸频率。WeSeq中只需点击Logo按钮即可一键生成高质量的序列标识图,并且还有表格窗口,可以看到每个位点的氨基酸频率。图片和表格均支持一键下载。

如何绘制好看的序列比对图?
如何绘制好看的序列比对图?

 

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系统进化树图

系统发育进化树(Phylogenetic tree)也叫系统进化树,它利用树状分支图形来表示各基因或物种之间的亲缘关系,是系统生物学研究中的重要手段。在WeSeq中可以直接点击Tree进行进化分析,生成系统进化树。图片支持一键下载。

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多序列比对

序列同源性(identity)可以用来来衡量序列之间的相似性。在WeSeq中应用Identity可以获得不同序列之间的序列同源性分析结果。图片支持一键下载。

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序列标注

Annotation功能可以给任意一段序列或位点添加注释,支持色块、下划线等多种注释显示方式。

如何绘制好看的序列比对图?

在WeSeq中,还有很多其他的功能,包括序列编辑、Blast、PTM预测、免疫原性预测、人源化等。具体可以看往期文章,或者进入WeMol Cloud网站查看相关文档(WeMol Docs)。

关于WeMol

WeMol(wemol.wecomput.com)是Wecomput开发的面向生物制药、材料、化学等领域的新一代分子数字化智能计算平台,集成了计算生物学、人工智能、量子化学等领域的上百种Wecomput自研及开源的计算与可视化模块,核心算法的速度、准确度超过或媲美国外主流商业软件,尤其特色的抗体人源化设计、蛋白质免疫原性预测、虚拟亲和力成熟、高通量虚拟筛选、RNA序列设计等算法已在多家知名药企的数十个药物发现项目中得到验证和广泛应用。WeMol基于先进的流式架构,可将复杂计算流程简单化、自动化,并支持低代码定制开发和灵活扩展,是业界首款同时面向计算科学家及非计算专业的湿实验人员,旨在构建一个简单、易用、智能、可扩展、可追溯、可重现的一站式计算平台,全方位覆盖大分子生物药设计、小分子化合物设计、分子模拟、数据分析等应用场景,可对Hit->Lead->PCC各阶段进行全链条赋能。发布至今,WeMol已获得了国内外数百家药企及学术单位的青睐与好评。

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