Nat. Chem. | 视紫红质的量子经典模拟揭示激发态布局分裂及其对量子效率的影响
数百条QM/MM轨迹证明,吸收光15fs后,反应激发态和邻近态之间的简并导致视紫红质布局分裂为亚布局。 背景介绍 视紫红质(Rhodopsin,…… Continue reading
数百条QM/MM轨迹证明,吸收光15fs后,反应激发态和邻近态之间的简并导致视紫红质布局分裂为亚布局。 背景介绍 视紫红质(Rhodopsin,…… Continue reading
MixMD发现了PD-1全新的可药空腔,并通过虚筛得到结合于该空腔的名为1508的新型配体,为探索靶向PD-1−PD-L1复合物的癌症治疗提供了…… Continue reading
iANP-EC是一种集成计算框架,结合机器学习和进化计算可识别天然抗癌化合物。 背景介绍 在癌症治疗中,尽管化疗和放疗有严重的副作用,但它们仍是…… Continue reading
两种新计算方法组成的工作流用于执行特定小分子结合任务。基于数据驱动的DEPACT可以设计和评估小分子结合的口袋能否作为独立的团簇,而PACMat…… Continue reading
DD-GUI 是英属哥伦比亚大学团队联合NVIDIA开发的深度学习和对接的图形用户界面,名为“深度对接”。DD-GUI 能直观且便捷地设置大规模…… Continue reading
通过关注肽和蛋白质的相互作用,首次从计算角度对肽结合位点进行的全面的形态学和能量学研究。 背景介绍 肽-蛋白相互作用与许多细胞和代谢系统的信号转…… Continue reading
背景介绍 基于片段的药物发现(FBDD)已经成为一个用来识别探针分子和先导化合物的强大工具。过去20年里,FBDD发现了4种已批准的药物,数十种…… Continue reading
Polyply包含了:1)一种多尺度图匹配算法,用于快速生成参数,并适用于任意复杂的聚合物拓扑;2)通用的多尺度随机行走协议,能够高效地建立复杂…… Continue reading
通过高通量虚拟筛选发现了MCULE-5948770040,一种作用于SARS-CoV-2主要蛋白酶的新型非共价小分子抑制剂。进一步的湿实验、X射…… Continue reading
通过QM/MM分子动力学模拟和同位素标记实验,作者发现在倍半萜SdS合成酶中去质子化-再质子化序列可以通过G1/2 helix这段保守结构域的主…… Continue reading