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实时关注公司行业最新动态

Nat. Commun. | 螺旋结构基序可用于功能性肽设计

Nat. Commun. | 螺旋结构基序可用于功能性肽设计

TP-DB是从PDB中提取170万个螺旋结构并编译而成的一个治疗肽设计数据库,允许查询化合物复合物模式以促进识别螺旋结构的序列基序。 背景介绍 …… Continue reading →

2022-03-15 原创文章 #数据库 #方法工具
Bioinformatics | DD-GUI:深度学习虚拟筛选大规模化合物库的图形化用户界面

Bioinformatics | DD-GUI:深度学习虚拟筛选大规模化合物库的图形化用户界面

DD-GUI 是英属哥伦比亚大学团队联合NVIDIA开发的深度学习和对接的图形用户界面,名为“深度对接”。DD-GUI 能直观且便捷地设置大规模…… Continue reading →

2022-02-25 原创文章 #方法工具 #虚拟筛选
JCIM | 片段热点映射以识别相关蛋白间的选择性决定域

JCIM | 片段热点映射以识别相关蛋白间的选择性决定域

背景介绍 基于片段的药物发现(FBDD)已经成为一个用来识别探针分子和先导化合物的强大工具。过去20年里,FBDD发现了4种已批准的药物,数十种…… Continue reading →

2022-02-18 原创文章 #方法工具 #计算生物学
Nat. Commun. | Polyply:用于大分子和纳米材料模拟的python套件

Nat. Commun. | Polyply:用于大分子和纳米材料模拟的python套件

Polyply包含了:1)一种多尺度图匹配算法,用于快速生成参数,并适用于任意复杂的聚合物拓扑;2)通用的多尺度随机行走协议,能够高效地建立复杂…… Continue reading →

2022-02-15 原创文章 #分子动力学 #方法工具
Bioinformatics | Hu-mAb:基于机器学习的高效抗体人源化工具

Bioinformatics | Hu-mAb:基于机器学习的高效抗体人源化工具

Hu-mAb工具可以对输入序列进行人源化评分,同时提示可降低免疫原性并保持疗效的人源化突变位点,以此加速人源化过程。 背景介绍 单克隆抗体(mA…… Continue reading →

2021-12-28 原创文章 #人工智能 #方法工具 #深度学习
JCIM | CS-Annotate:用化学位移注释RNA结构的深度学习在线工具

JCIM | CS-Annotate:用化学位移注释RNA结构的深度学习在线工具

CS-Annotate的核心是一种多任务深度学习模型的运用,可以同时从化学位移指纹中对溶剂暴露、碱基堆积和配对状态以及单个RNA残基构象进行分类…… Continue reading →

2021-11-26 原创文章 #人工智能 #方法工具 #深度学习
BIB | 抗体设计计算小妙招: IsAb

BIB | 抗体设计计算小妙招: IsAb

IsAb是一个专注于抗体重新设计的计算协议,主要是优化抗体序列。协议全面且免费,方便来自不同领域的用户快速上手。 背景介绍 抗体重新设计是在已知…… Continue reading →

2021-10-22 原创文章 #方法工具 #计算生物学
NAR | ProteinTools:蛋白结构分析竟如此简单

NAR | ProteinTools:蛋白结构分析竟如此简单

ProteinTools不同于只含单一应用的蛋白结构分析软件,它以web服务形式提供了四种程序:疏水簇识别、氢键网络识别、盐桥识别和接触图识别。…… Continue reading →

2021-09-10 原创文章 #方法工具
JCIM | 细数抗菌肽的计算方法和工具

JCIM | 细数抗菌肽的计算方法和工具

目前,治疗耐药菌感染患者的药物种类十分有限,急需开发抗菌肽(AMPs)。本文汇总现有技术下对AMPs的结构、动力学和功能开展的研究,有利于与实验…… Continue reading →

2021-09-03 原创文章 #方法工具
JCIM | AutoDock Vina 1.2.0来啦,绑定python献上新方法

JCIM | AutoDock Vina 1.2.0来啦,绑定python献上新方法

背景介绍 AutoDock Vina (Vina)、AutoDock4 (AD4)、AutoDock-GPU、AutoDockFR以及AutoD…… Continue reading →

2021-08-13 原创文章 #分子对接 #方法工具

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