JCIM | AutoDock Vina 1.2.0来啦,绑定python献上新方法
背景介绍 AutoDock Vina (Vina)、AutoDock4 (AD4)、AutoDock-GPU、AutoDockFR以及AutoD…… Continue reading
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引言 蛋白质工程(Protein Engineer)具有巨大的学术和工业潜力。然而,在浩瀚的蛋白质序列空间中进行搜索的能力限制了我们的设计,但是…… Continue reading
研究背景 尽管近40年前开发出了第一批对接程序,我们可以使用不同的方法(搜索算法,分为系统和随机搜索方法)来寻找和评估(评分函数,分为基于经验的…… Continue reading
引言 Autodock(自动对接)及其各种变体是广泛应用的对接方法,它们采用优化方法作为柔性配体对接和虚拟筛选的搜索算法。但其中许多方法存在高柔…… Continue reading
引言 数据集是深度学习模型开发的基础,深度学习模型的成功在很大程度上取决于数据集的质量和大小。在这项工作中,作者提出了一个新的数据集准备步骤,并…… Continue reading
引言 深度学习的质量和效率,在很大程度上,取决于被学习对象的表示。特别是,增强的药物学习,依赖于适当的分子表征(MolRs)。通过直接从分子的底…… Continue reading
引言 贝叶斯优化算法是一种基于响应面的迭代全局优化算法,在机器学习模型的调整中表现出了卓越的性能。贝叶斯优化最近也在化学领域得到了应用,然而,它…… Continue reading
引言 计算能力的提高与快速算法的发展使得量子化学方法可以应用于生物大分子的计算。与此同时对此类大型系统的大量电子结构信息进行处理也需要新颖的技术…… Continue reading
引言 不对称催化是探索新的化学空间的一种方法,今天的计算能力足以协助这一探索。不幸的是,现有技术通常需要专业的计算知识而导致其未在合成化学中被充…… Continue reading
背景 据统计类药库含有超过10^60个分子。目前没有任何可用的技术能够筛选出此规模的分子库。因此,基于片段的药物设计(FBDD)自20世纪90年…… Continue reading