JACS Au|机器学习时代下研究蛋白功能动力学的马尔可夫状态模型
来自香港科技大学的研究者们综述了针对马尔可夫状态模型(MSMs)在研究蛋白功能动力学中的挑战及代表性的基于机器学习的解决方案。 概述 马尔可夫状…… Continue reading
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一种基于几何结构软件和深度学习的新框架DeepPocket,用3D卷积神经网络对Fpocket识别的口袋重新评分后能发现蛋白表面的空腔。 背景介…… Continue reading
背景介绍 在有机合成领域,化学家不仅要知道合成分子的步骤和顺序,还要知道反应条件,并希望每步反应的产率足够高。对于化学家来说,理解高维反应数据的…… Continue reading
引言 传统的计算方法已在化学反应领域得到广泛应用,例如,QM模拟化学键的生成和断裂,QM/MM和FMO处理涉及生物分子的反应体系等。由于可以计算…… Continue reading
背景介绍 设计变构调节剂,需要先了解蛋白质的哪些部分可以与配体实现高亲和力结合。然而,这是一项艰巨的任务,尤其在结合位点处于“隐藏”的情况下,将…… Continue reading
背景介绍 随着机器学习(ML)软件(scikit-learn、TensorFlow、PyTorch等)的广泛使用以及图形处理单元成本和速度的不断…… Continue reading
背景介绍 Molecular Transformer是当前最先进的反应预测技术,模型的输入是反应物和化学结构的文本表示,模型执行机器翻译预测最可…… Continue reading
引言 在最近的CASP14上,DeepMind给出了非常精确的预测(即AlphaFold 2)。本文作者探索了结合相关思想的网络体系结构,并在一…… Continue reading
引言 在这个生化环材领域人才疯狂内卷的时代,人工智能的加速发展,再一次改变着人类的生活轨迹及研究进程,至此,内卷的路越走越远,越来越卷…… 这不…… Continue reading
背景介绍 高精度的蛋白质结构预测,有助于从分子水平上理解生物过程。在过去的几年中,由于深度卷积残差网络(ResNet)以及最近在AlphaFol…… Continue reading