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Bioinformatics | SPEQ:深度学习方法如何评价多肽光谱质量?

Bioinformatics | SPEQ:深度学习方法如何评价多肽光谱质量?

光谱质量(SPEQ)评估工具可用于鉴别并消除低质量光谱,同时突出显示高质量的光谱。本文用深度神经网络建立的光谱质量判定模型SPEQ与其他预测工具…… Continue reading →

2022-05-10 原创文章 #人工智能 #深度学习
Nature | 计算如何将化学废弃物转化为药物?

Nature | 计算如何将化学废弃物转化为药物?

基于正向合成Allchemy平台,从大约200种商业规模回收的废弃化学品中得到了巨大的合成网络并从中检索出数以万计的路径,可生产大约300种重要…… Continue reading →

2022-04-28 原创文章 #人工智能 #深度学习 #计算化学
Trends Mol Med. | AAV衣壳设计:一个恰到好处的挑战

Trends Mol Med. | AAV衣壳设计:一个恰到好处的挑战

腺相关病毒(AAV)载体作为一种首选的基因传递载体,在一些临床适应症中使治疗性基因得以表达。佛罗里达大学Zolotukhin教授的一篇观点类文章…… Continue reading →

2022-04-26 原创文章 #人工智能 #深度学习
AcsCentSci | 大规模G蛋白偶联嗅觉受体配对数据及其建模

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嗅觉受体 (OR) 的氨基酸序列如何编码对各种配体的多样化反应?一个基于 OR 序列相似性和配体物理化学特征的蛋白质化学计量学 (PCM) 模型…… Continue reading →

2022-04-12 原创文章 #人工智能 #深度学习 #计算化学
JCIM | iANP-EC:利用集成学习与进化计算相结合的方法识别抗癌天然产物

JCIM | iANP-EC:利用集成学习与进化计算相结合的方法识别抗癌天然产物

iANP-EC是一种集成计算框架,结合机器学习和进化计算可识别天然抗癌化合物。 背景介绍 在癌症治疗中,尽管化疗和放疗有严重的副作用,但它们仍是…… Continue reading →

2022-03-04 原创文章 #人工智能 #深度学习 #计算化学
JCIM | SARS-CoV-2主要蛋白酶非共价抑制剂的高通量虚拟筛选与验证

JCIM | SARS-CoV-2主要蛋白酶非共价抑制剂的高通量虚拟筛选与验证

通过高通量虚拟筛选发现了MCULE-5948770040,一种作用于SARS-CoV-2主要蛋白酶的新型非共价小分子抑制剂。进一步的湿实验、X射…… Continue reading →

2022-02-08 原创文章 #人工智能 #分子动力学 #深度学习 #虚拟筛选
Nat. Commun. | 利用可解释深度学习绘制糖基转移酶折叠图景

Nat. Commun. | 利用可解释深度学习绘制糖基转移酶折叠图景

一种基于注意力的卷积神经网络深度学习模型,该模型可利用初级序列生成的简单二级结构来提供高度准确的糖基转移酶折叠预测。 背景介绍 糖基转移酶(GT…… Continue reading →

2022-01-18 原创文章 #人工智能 #深度学习 #计算生物学
PNAS | 利用同源序列破译微生物群落生态位的关联能准确预测靶蛋白的结构

PNAS | 利用同源序列破译微生物群落生态位的关联能准确预测靶蛋白的结构

华中科技大学宁康教授团队基于地球上4个主要生物群落(肠道、湖泊、土壤和发酵罐)的42.5亿个微生物群落序列构建了AI模型MetaSource,预…… Continue reading →

2022-01-11 原创文章 #人工智能 #深度学习 #计算生物学
Nat. Commun. | DeepRank:一种用于挖掘3D蛋白-蛋白界面的深度学习框架

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一种通用且可配置的深度学习框架,可利用3D卷积神经网络进行蛋白质-蛋白质界面(PPIs)的数据挖掘。 背景介绍 高度调控的蛋白-蛋白相互作用网络…… Continue reading →

2022-01-04 原创文章 #人工智能 #深度学习 #计算生物学
JMC | 吡唑罗[3,4 d]吡嗪酮类DDR1抑制剂的设计、合成与评价

JMC | 吡唑罗[3,4 d]吡嗪酮类DDR1抑制剂的设计、合成与评价

中科院上药所郑明月研究员团队利用深度生成模型、激酶选择性筛选等计算手段,设计了一种新型DDR1抑制剂,该化合物能有效抗炎,在DSS诱导的小鼠结肠…… Continue reading →

2021-12-31 原创文章 #人工智能 #分子对接 #深度学习 #虚拟筛选

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