来自香港科技大学的研究者们综述了针对马尔可夫状态模型（MSMs）在研究蛋白功能动力学中的挑战及代表性的基于机器学习的解决方案。 概述 马尔可夫状…… Continue reading →

目前，治疗耐药菌感染患者的药物种类十分有限，急需开发抗菌肽（AMPs）。本文汇总现有技术下对AMPs的结构、动力学和功能开展的研究，有利于与实验…… Continue reading →

一种基于几何结构软件和深度学习的新框架DeepPocket，用3D卷积神经网络对Fpocket识别的口袋重新评分后能发现蛋白表面的空腔。 背景介…… Continue reading →

主要内容 近两年来，新型乙型冠状病毒SARS-CoV-2在全球迅速蔓延，在不到100天内确诊病例超过150万例。高感染率给全球卫生系统造成了相当…… Continue reading →

背景介绍 生物大分子功能依赖于发生在不同时间尺度上的耦合过程，对这种系统的理论描述具有一定挑战性。对于蛋白质来说，折叠发生在微秒到数分钟甚至数小…… Continue reading →

背景介绍 自从人们认识到药物结合动力学速率可能是体内药物功效的关键决定因素，对开发计算方法的兴趣就日渐增加，以期能估计出药物-靶标解离速率常数 …… Continue reading →

背景介绍 在有机合成领域，化学家不仅要知道合成分子的步骤和顺序，还要知道反应条件，并希望每步反应的产率足够高。对于化学家来说，理解高维反应数据的…… Continue reading →

背景介绍 AutoDock Vina (Vina)、AutoDock4 (AD4)、AutoDock-GPU、AutoDockFR以及AutoD…… Continue reading →

引言 传统的计算方法已在化学反应领域得到广泛应用，例如，QM模拟化学键的生成和断裂，QM/MM和FMO处理涉及生物分子的反应体系等。由于可以计算…… Continue reading →

背景介绍 设计变构调节剂，需要先了解蛋白质的哪些部分可以与配体实现高亲和力结合。然而，这是一项艰巨的任务，尤其在结合位点处于“隐藏”的情况下，将…… Continue reading →