数百条QM/MM轨迹证明，吸收光15fs后，反应激发态和邻近态之间的简并导致视紫红质布局分裂为亚布局。 背景介绍 视紫红质(Rhodopsin,…… Continue reading →

通过QM/MM分子动力学模拟和同位素标记实验，作者发现在倍半萜SdS合成酶中去质子化-再质子化序列可以通过G1/2 helix这段保守结构域的主…… Continue reading →

世界上第一个基于网络的用于存储、管理和共享描述生物大分子间复杂相互作用的片段分子轨道计算数据集的公共数据库——FMO数据库。 背景介绍 了解蛋白…… Continue reading →

背景介绍 随着机器学习(ML)软件(scikit-learn、TensorFlow、PyTorch等)的广泛使用以及图形处理单元成本和速度的不断…… Continue reading →

引言 生物学的许多领域，都涉及到解决复杂的计算问题，如模拟化学反应、基因组组装、药物发现、蛋白质折叠等。尽管计算生物学领域取得了巨大的进步，但许…… Continue reading →

引言 计算能力的提高与快速算法的发展使得量子化学方法可以应用于生物大分子的计算。与此同时对此类大型系统的大量电子结构信息进行处理也需要新颖的技术…… Continue reading →

先睹为快 作者    中国科学院上海有机化学研究所刘文教授 美国加州大学洛杉矶分校的K. N. Houk教授 研究对象  D-A环加成酶：Pyr…… Continue reading →

先睹为快 作者 日本千叶大学药学系Hajime Sato教授 日本东京大学药学系Masanobu Uchiyama教授 研究对象 巴西烷型天然产…… Continue reading →

引言 理解酶催化作用不仅对基础科学有重要意义，而且对实际应用也很重要。例如酶反应机理在药物的合理设计中发挥着重要的作用，在药物的合理设计中，可以…… Continue reading →

分子力学与量子力学 分子力学（MM）是一种传统的计算方法，在有机合成化学，药物化学和药物设计等方面有重要的应用。但是，MM方法对药物受体微环境中…… Continue reading →