WeSeq | 全功能序列编辑神器!

药物研发离不开与各种蛋白质或核酸序列打交道,虽然word和excel可以进行简单的查看或编辑,不过面对抗体编号、CDR注释、序列比对、进化分析、频率分析等更专业的需求,是否有更专业、高效、易用的解决方案?不妨试试这款神器吧,立刻解放双手,提高生产力!

唯信计算开发出了全功能的在线序列编辑器——WeSeq,支持对序列进行编号、比对、注释、编辑、分析等一系列操作,并已集成到分子智能计算平台WeMol中,登录WeMol Cloud(wemol.wecomput.com,详情参见往期文章)即可使用,并且WeSeq永久免费!一起来看看都有哪些功能吧~

File:文件的导入导出,支持fasta等文本格式,也可以导出图片;

Edit:支持序列的新建、删除、拷贝、复制和重设对齐;

Numbering:抗体编号及CDR标注,包括可变区Kabat、IMGT、Chothia及恒定区EU编号;

Toggle *:以第一条序列为参考,不保守残基突出显示模式;

Align:多重序列比对(MSA),同时生成进化树(Phylogenetic Tree);

Annotation:可用于给一段序列或蛋白位点标注;

Editor:序列及ID的编辑器,支持残基的插入、删除、突变等;

Search:支持对特定序列进行全局检索以及高亮;

Logo:分析残基多样性,生成sequence logo图;

Wrap:切换序列的单多行显示模式;

Color:切换氨基酸的显示颜色(按理化性质)。

01

序列的显示

支持蛋白质/多肽/抗体、核酸等各类序列,可自由控制序列的缩放与平移,长序列支持换行显示(Wrap)。
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氨基酸序列和碱基序列显示

02

抗体编号

现有的主流抗体编号规则有以下几种:
Kabat
由Kabat等人在1991年基于相同结构域类型的序列之间的高序列变异区域的位置而开发的编号系统。轻链(λ,κ)可变区和抗体重链的氨基酸序列,以及T细胞受体的可变区(α,β, γ,δ)对齐并编号。是编号抗体残基被广泛采用的标准,但对非常规长度的抗体链具有独特的插入或缺失。
IMGT
2003年,Lefranc等人基于种系V基因的氨基酸序列比对为免疫球蛋白超家族的所有蛋白质序列引入了新的标准化编号系统,包括来自抗体轻链和重链的可变结构域以及来自不同物种的T细胞受体链。从1到128连续计数残基。
Chothia
与Kabat类似,1987年,Chothia和Lesk为抗体可变区引入了基于结构的编号方案。它们对齐抗体可变区的晶体结构,定义了形成CDR的环结构,并校正了CDRL1和CDRH1内插入点的位置编号,使它们更适合其拓扑位置。此外,他们将重链和轻链的CDR环分类为少量保守结构,称为canonical类。
EU
上个世纪60年代末(1968)Gerald M.Edelman等人分离纯化得到一个人IgG1免疫球蛋白,将其命名为Eu。测定了其氨基酸序列并编号。这套编号沿用为Eu Numbering。现在一般将其用作标注Fc域的工具。
上述4种抗体编号规则WeSeq都支持其中前3个编号规则主要用于可变区编号,EU则主要用于给Fc编号。当执行Numbering后,光标置于氨基酸上可在右上角看到该位点的编号。
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可变区编号后会显示各CDR区域
给Fc区域编号后,可直观定位到突变位点位于哪些Fc结构域。
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橘色线条为EU系统标注的Fc域,红框为Margetuximab相对于lgG1的突变位点

03

序列比对和进化树分析

Align功能可以快速进行多序列比对(MSA);
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比对的同时会进行进化分析,生成进化树图(系统发育树)。
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04

氨基酸频率/保守性分析

在生物信息分析中,序列标识图Sequence Logo常用来分析序列中的保守位点及氨基酸频率。在WeSeq中,只需点击Logo按钮即可一键生成高质量的序列标识图。
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SARS-CoV-2的3种变异毒株的Sequence Logo图

05

序列编辑

选中需要突变的氨基酸,通过”Editor”即可进行修改,方便进行插入,删除,突变等操作。
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氨基酸突变

06

注释功能

Annotation功能可以任意一段序列或位点添加注释,支持色块、下划线等多种注释显示方式。
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注释功能

WeSeq作为一个专业的在线序列编辑器与分析工具,能够很好地解决医药研发相关人员对于核酸序列和蛋白质序列进行所有常规的分析操作的需求,包括序列比对、序列检索、抗体编号等等,替代word和excel等软件,解放双手,提高生产力,赋能大分子药物研发,快来试试吧~

关于WeMol

WeMol是Wecomput开发的面向生物医学、材料、化学等领域的一代分子数字智能计算平台。基于流式架构开发,支持低代码定制开发和灵活扩展。WeMol集成了数十个化学信息学、计算生物学、量子化学、人工智能等计算模块以及小分子和大分子的3D可视化模块,涵盖了生物药设计、小分子设计、量子化学、分子模拟等应用需求,形成了对Hit->Lead->PCC的全流程赋能的能力,众多独特算法工具(例如构象生成算法AlphaConf,三维形状匹配算法AlphaShape,免疫原性预测算法AlphaMHC,抗体人源化设计流程AlphaHu,RNA序列优化算法AlphaRNA等),在速度、准确性、效率等多方面超过或媲美国际主流商业软件。平台旨在帮助用户构建一个可积累、可复制、可追溯,可扩展的计算平台,并可持续、高效地支持计算驱动的创新。
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