唯信工坊 | 计算（AI）辅助大分子药物设计课程

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序言

1.  计算驱动大分子药物设计

结构预测

1.  结构预测方法概述

2.  蛋白质/抗体结构预测方法介绍（AlphaFold、ESMFold）

3.  复合物结构预测及蛋白-蛋白对接

4.  操作演示：结构预测常用模块、三维结构可视化、蛋白对接、叠合

抗体编号

1.  抗体可变区编号规则及异同

2.  抗体恒定区编号规则

3.  操作演示：对抗体可变区进行编号并识别CDR与FR

4.  操作演示：对抗体恒定区进行编号并识别Fc工程突变

茶歇

序列分析

1.  序列翻译、查看、编辑、标注与搜索

2.  多序列比对与同源性计算

3.  氨基酸频率分析与序列logo绘制

4.  进化分析、聚类分析与进化树绘制

5.  快速批量提取专利中的序列

6.  基于抗体CDR的专利检索

7.  操作演示

免疫原性预测与优化

1.  免疫原性预测的原理与进展

2.  WeMol的免疫原性预测方法

3.  去免疫原性改造策略与突变设计

4.  操作演示：免疫原性预测及结果分析

5.  操作演示：自动化去免疫原性改造设计

午餐 | 休息

抗体人源化设计

1.  抗体人源化设计背景知识

2.  WeMol抗体人源化设计技术介绍

3.  全自动抗体人源化设计

4.  交互式抗体人源化设计及模板与回复突变的设计经验

5.  纳米抗体人源化设计的异同

6.  案例分享与操作演示

虚拟亲和力成熟

1.  虚拟亲和力成熟的常见策略

2.  抗体的表位与CDR的异同

3.  物理模型与蛋白质语言模型

4.  案例分享与操作演示

可开发性预测与优化

1.  常见PTM风险位点预测及突变策略

2.  理化性质预测（溶解度、等电点、聚集、粘度等）

3.  抗体可开发性优化的一般策略及案例分享

4.  操作演示：一键综合评价抗体可开发性

5.  操作演示：蛋白质表面Patch分析及可视化

6.  操作演示：设计突变提升蛋白或抗体的热稳定性

茶歇 | 交流

分子动力学模拟

1.  分子动力学的基本原理

2.  分子动力学模拟流程

3.  分子动力学模拟的轨迹分析与能量计算

4.  操作演示

基于AI生成模型的蛋白设计

1.  蛋白设计中的AI生成模型介绍

2.  操作演示：抗体和迷你蛋白的生成

答疑

Wecomput（唯信计算）致力于”计算技术驱动创新药研发”，基于对创新药物研发流程的深刻理解，融合人工智能、生物物理、高性能计算等技术，打造了独具特色的自动化、智能化、数字化的药物分子生成、设计与模拟平台，有望革新传统药物发现方式，驱动小分子、蛋白质、抗体、mRNA等创新药物的研发进程。核心团队成员来自国际知名AI制药公司、头部药企、知名互联网公司、985高校，在制药、生命科学、人工智能、软件开发等交叉领域有丰富的经验、深刻的理解和饱满的热情。

母公司北京中大唯信科技有限公司于2015年注册成立，入选国家高新技术企业，2021年获红杉资本股权投资，并入选NVIDIA Inception计划资深会员。至今，Wecomput已服务海内外数百家客户，涵盖众多生物医药企业、高校、医院、科研机构，并倾力打造了自主知识产权的分子数字化智能计算平台WeMol。欲了解更多信息，请访问官网www.wecomput.com，或关注公众号“唯信wecomput”。

WeMol（wemol.wecomput.com）是Wecomput开发的面向生物制药、材料、化学等领域的新一代分子数字化智能计算平台，集成了计算生物学、人工智能、量子化学等领域的上百种Wecomput自研及开源的计算与可视化模块，核心算法的速度、准确度超过或媲美国外主流商业软件，尤其特色的抗体人源化设计、蛋白质免疫原性预测、虚拟亲和力成熟、高通量虚拟筛选、RNA序列设计等算法已在多家知名药企的数十个药物发现项目中得到验证和广泛应用。WeMol基于先进的流式架构，可将复杂计算流程简单化、自动化，并支持低代码定制开发和灵活扩展，是业界首款同时面向计算科学家及非计算专业的湿实验人员，旨在构建一个简单、易用、智能、可扩展、可追溯、可重现的一站式计算平台，全方位覆盖大分子生物药设计、小分子化合物设计、分子模拟、数据分析等应用场景，可对Hit->Lead->PCC各阶段进行全链条赋能。发布至今，WeMol已获得了国内外数百家药企及学术单位的青睐与好评。